تست تشخیصی آزمایش ویروس زگیل تناسلی در زنان و مردان متفاوت است. توصیه می شود که زنان، با شروع فعالیت جنسی، تست پاپ اسمیر را انجام دهند. آزمایشات منظم پاپ اسمیر به شناسایی سلول های غیر طبیعی در زنان کمک می کند و می تواند سرطان دهانه رحم یا سایر مشکلات مرتبط با HPV را نشان دهند.

توجه به این نکته مهم است که آزمایش DNA  زگیل تناسلی فقط برای زنان در دسترس است. در حال حاضر هیچ تست تأیید شده  برای تشخیص HPV در مردان وجود ندارد. با این حال، بعضی از پزشکان از آزمایشهای مقعدی پاپ اسمیر برای مردانی که در معرض خطر بالای سرطان مقعدی ناشی از HPV هستند، استفاده می کنند. در یک آزمایش پاپ اسمیر مقعد، پزشک مقداری سلول از ناحیه مقعد جمع می کند و سپس آنها را برای تشخیص ناهنجاری ها در آزمایشگاه بررسی می نماید.

گارداسیل یک واکسن همانندسازی شده است که در برابر عفونت با HPV نوع ۶، ۱۱، ۱۶ و ۱۸ از بدن محافظت می نماید. در مجموع، واکسن گارداسیل در برابر آن گونه هایی از ویروس که مسئول ایجاد ۷۰% سرطان­های دهانه ­رحم، ۸۰% سرطان های مقعد، ۴۰% سرطان­ های ناحیه خارجی تناسلی زنان و ۹۰% زگیل­ های تناسلی هستند، تولید ایمنی می­ نماید. هم­چنین، نشان داده شده است که واکسن گارداسیل از رشد ضایعات پیش بدخیمی دهانه ­ی رحم، زگیلهای تحریک ­کننده سرطان در مقعد و ناحیه تناسلی پیش­گیری می­کند.

واکسن گارداسیل برای افراد در فاصله سنی 10 تا 27 سالگی تجویز میشود. در واقع واکسن گارداسیل معمولا قبل از شروع فعالیت جنسی توصیه میشود. اگر فردی که این واکسن را تزریق می کند و به هیچ یک از 4 نوع ویروس قبلا مبتلا نشده باشد، به احتمال 99 درصد به هیچ یک مبتلا نخواهد شد. " این واکسن زگیل های تناسلی موجود را درمان نمی کند" با این حال برای افرادی که دچار زگیل تناسلی شده اند هم توصیه می شود زیرا از انواع دیگر ویروس پاپیلومای انسانی که فرد دچار آن نشده است جلوگیری می کند. لازم به یاداوری است که واکسن جایگزین آزمایش پاپ اسمیر از نظر سرطان دهانه رحم در زنان نمی شود. چرا که همه انواع سرطان های دهانه رحم پیشگیری نمی کند و به عنوان درمان سرطان های رحم و مقعد کاربرد ندارد.

واکسن نه گانه با نام تجاری " گارداسیل 9 " هم با تأئیدیه سازمان غذا و دارو وارد بازار شده است که علیه ژنوتیپ های 6، 11، 16، 18، 31، 33، 45، 52 و 58 عمل می کند. واکسن عوارض جدی ندارد اما تزریق واکسن گارداسیل در دوران بارداری توصیه نمی شود. 

زنان باردار و شیرده، پس از طی دوره بارداری و شیردهی میتوانند این واکسن را دریافت کنند. گارداسیل ممکن است با داروهای زیر تداخل داشته باشد:

داروهای شیمی درمانی، داروهای استروئیدی خوراکی، استنشاقی یا تزریقی و داروهایی که در درمان پسوریازیس، آرتریت روماتوئید یا سایر اختلالات خود ایمنی استفاده می شوند. همچنین داروهایی برای درمان یا جلوگیری از رد پیوند عضو استفاده می شوند، ممکن است با واکسن HPV تداخل داشته باشند.

با این حال بهتر است قبل از تزریق واکسن به ماما و یا پزشک خود در مورد داروهایی که استفاده می کنید، اطلاع دهید.

در حال حاضر ۳ دوز واکسن HPV در یک دوره زمانی ۶ ماهه تجویز می شود، و دوز یادآور دیگری توصیه نمی شود. مانند همه واکسن ها، واکسن HPV بطور دائم پایش می شود تا از اثربخشی و بی خطر بودن آن اطمینان حاصل شود. بهتر است هر ۳ دوز واکسن زگیل تناسلی در یک دوره ی ۶ ماهه تزریق گردد، دوز دوم بایستی یک تا دو ماه بعد از دوز اول، و دوز سوم را شش ماه بعد از دوز اول تزریق کرد. اگر فاصله بین نوبت های تزریق بیش از این طول کشید، نیازی به شروع مجدد واکسیناسیون از ابتدا نیست. هر دو نوع واکسن HPV، گارداسیل و سرواریکس، در حال حاضر از نظر هرگونه واقعه ی ناخواسته پایش می شوند. مطالعات متعددی برای تعیین ایمنی و بی خطر بودن واکسن HPV انجام شده است و تا کنون هیچ نگرانی ایمنی جدی در این مطالعات نشان داده نشده است.

واکسن سرواریکس ایمنی لازم را تنها در برابر نوع خاصی از این ویروس HPV ( نوع 16 و 18) ایجاد می کند و در برابر دیگر انواع آن تاثیری نخواهد داشت. به منظور پیشگیری از سرطان دهانه رحم و مختص تزریق زنان و دختران می باشد. سن تزریق این واکسن از 12 سالگی و قبل از شروع فعالیت های جنسی شروع شده و تا قبل از سن 45 تزریق آن مجاز اعلام شده است.

واکسیناسیون با Cervarix شامل تزریق عضلانی 3 دوز 0.5 میلی لیتری از این واکسن است که واکسن دوم در فاصله یک ماه و واکسن سوم در فاصله شش ماه تزریق می شود. محل تزریق این واکسن معمولاً بازو است.